Алексей Афанасьевич Филипенко родился 27 апреля 1925 года в деревне Бабичи Гомельской губернии РСФСР (ныне в составе Чечерского района Гомельской области) в семье крестьян. Окончил 7 классов местной школы. С началом Великой Отечественной войны вынужден был остаться на территории района. После освобождения района советскими войсками в октябре 1943 года, был мобилизован в Красную Армию. Боевой путь прошёл в рядах 457-го стрелкового полка 129-й стрелковой дивизии в составе 3-й армии. Воевал на Брянском, 1-м, 2-м и 3-м Белорусском фронтах. Ефрейтор Филипенко отличился в одном из боёв на территории Рогачевского района. В ходе наступления в районе деревни Новосёлки он первым из отделения ворвался в траншею противника и убил троих немцев, за что был награждён медалью «За боевые заслуги».
В ночь на 24 февраля 1944 года в бою на друтском плацдарме за деревню Великие Коноплицы (Рогачевский район Гомельской области) ефрейтор Филипенко, он одним из первых ворвался в немецкую траншею и храбро выбивал из нее врага. После чего принимал активное участие в освобождении деревни от немецко-фашистских захватчиков. При этом, забросав гранатами, он уничтожил пулеметный расчет, а также пленил одного немецкого солдата. 1 марта А. А. Филипенко первым ворвался во вражескую траншею и в упор расстрелял немецкого офицера. В разгар боя, он спас жизнь тяжело раненному заместителю командира батальона капитану Коптюху. Приказом от 12 апреля 1944 года ефрейтор Филипенко Алексей Афанасьевич был награждён орденом Славы 3-й степени. В тот же день, 1 марта 1944 года стрелок Филипенко ворвался во вражеский блиндаж и захватил в плен четырёх немецких солдат, за что был награждён медалью «За отвагу».
В рамках Белорусской стратегической наступательной операции «Багратион», 28 июня 1944 года в районе деревни Букино 3-й батальон на марше был атакован большой группой противника, выходящей из окружения. В завязавшемся бою Алексей Филипенко огнём из автомата уничтожил 12 немцев. Приказом от 28 августа 1944 года Филипенко Алексей Афанасьевич был награждён орденом Славы 2-й степени. В дальнейшем 129-я стрелковая дивизия принимала активное участие в Белостокской и Ломжа-Ружанской наступательных операциях, в боях в Восточной Пруссии. 22 февраля 1945 года в районе деревни Лилиенталь (ныне деревня Бялчин в Польше) Алексей Филипенко за 2 часа боя смог отбить с пехотинцами пять контратак противника, а после заменил выбывшего из строя командира взвода и руководил боем до выполнения боевой задачи. В ожесточённой схватке был ранен, но с поля боя не ушёл, и только после повторного ранения был эвакуирован в тыл. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 апреля 1945 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом доблесть и мужество ефрейтор Филипенко Алексей Афанасьевич был награждён орденом Славы 1-й степени, таким образом, став полным кавалером ордена Славы.
В 1947 году младший сержант А.А. Филипенко был демобилизован. Скончался 21 августа 1957 года. Был похоронен на кладбище деревни Бабичи Чечерского района. Именем Алексея Афанасьевича Филипенко названы улицы в родной деревне, в городе Чечерске. В память о нем установлена стела на Аллее Героев в Чечерске.
